常有的症状是：先感到肛门周围出现了一个小硬块或肿块．继而疼痛加剧、红肿发热、坠张不适、坐卧不宁、夜不能眼、大便秘结、排尿不畅或里急后重等直肠刺激症状，并随之出现全身不适、精神疲惫乏力、体温升高、食欲减退、寒战高热等全身中毒症状。一般在1周左右可形成脓肿，在肛门周围或直肠内指诊可模到柔软、压痛、有波动的肿物，用注射器穿刺可抽出脓汁。若自行溃破或切开排脓后疼痛缓解或消失，体温下降，全身情况分转。但流脓的伤口却不易愈合或暂时愈合后又复发流脓，经久不愈，就成为肛瘘。
由于脓肿发生的位置不同．症状也不同。
(1)肛周皮下脓肿：主要是疼痛，最初为胀痛、化脓时跳痛、排便时疼痛加重，脓肿在肛门前方可发生尿潴留，脓肿在肛门后方出现尾骶部疼痛。全身中毒症状轻，局部肿胀，发红、压痛、有波动感；
(2)坐骨直肠窝脓肿：患者有周身不适、发热寒战、体温升高等全身中毒症状。局部见肛门一侧肿胀、发红、灼痛、跳痛、压痛、坐卧不安，活动和排便时痛加重，有排尿困难等；
(3)骨盆直肠窝脓肿：患者全身症状重，先寒战高热，周身疲倦．严重者可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感．酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难；
(4)直肠后脓肿：全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两佣大腿放射，尾骨有压痛，患者不能端坐；
(5)直肠粘膜下脓肿：患者有周身不适，疲倦，发热。局部以直肠刺激症状为左，有里急后重，下坠，便次多或便意感等。
结核性肛门直肠周围脓肿与上述细菌性感染不同，患者常是慢性发病，脓肿经数周、数月后才能形成，局部疼痛不剧烈，伴有低热，局部红肿也不明显，破溃后流出的脓液清稀、乳白色．脓口凹陷，周围皮肤发青或呈青白色，常有多个流脓的外口，经久不愈。全身检查可以发现肺部、大肠或其他部位的结核病灶．脓液培养可找到结核杆菌。
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